Green sinh ra trong gia đình của Mike và Sydney Green ở Indianapolis, Indiana.[7] Ba tuần sau khi ra đời, gia đình ông chuyển đến Michigan, rồi đến Birmingham, Alabama và cuối cùng là Orlando, Florida.[8][9] Ông theo học trường Lake Highland Preparatory ở Orlando và Indian Springs bên ngoài Birmingham, Alabama, ngôi trường mà sau đó ông lấy nguồn cảm hứng cho bối cảnh chủ yếu của cuốn sách đầu tay, Looking for Alaska.[10] Green tốt nghiệp Đại học Kenyon năm 2000 với gấp đôi chuyên đề môn tiếng Anh và môn tôn giáo học.[11] Ông đã phát biểu về việc bị bắt nạt và nó khiến cuộc sống tuổi thiếu niên của ông khổ sở như thế nào.[12]

Sau khi tốt nghiệp Đại học, Green dành năm tháng làm giáo sĩ thực tập ở Bệnh viện Quốc gia Nhi đồng tại Columbus, Ohio trong khi đang là thành viên của trường Đại học Thần học Chicago (tuy ông chưa từng chính thức nhập học ở đó).[13] Ông dự định sẽ trở thành linh mục của trường Episcopal, nhưng trải nghiệm làm việc trong bệnh viện cùng những trẻ em hứng chịu các căn bệnh nguy hiểm đến tính mạng đã thôi thúc ông trở thành một tác giả và sau đó viết cuốn The Fault in Our Stars.[14]

Green sống vài năm ở Chicago, nơi ông làm việc cho tờ báo phê bình sách Booklist với tư cách là trợ lý xuất bản và biên tập sản xuất trong lúc viết cuốn Looking for Alaska.[9] Khi làm việc ở đây, ông đánh giá hàng trăm cuốn sách, cụ thể là văn học giả tưởng và sách về đạo Hồi hoặc về sinh đôi dính liền.[15] Ông cũng bình luận sách cho tờ The New York Times Book Review và viết nguyên bản của tiểu luận radio cho đài NPR chương trình All Things Considered cùng với đài WBEZ, đài phát thanh công cộng của Chicago.[15] Green sống ở New York hai năm trong lúc vợ ông học trường sau Đại học.